《火影忍者》在漫画、动画、资料书等不同载体呈现过程中存在一些常识性内容的更改，主要有以下方面：
- 佐助的空间忍术设定更改：
- 漫画原设定：在漫画中佐助提到的是空间交换。
- 阵之书修改后：阵之书将其变成了物体交换。这种设定的更改使得佐助的空间忍术在不同的官方解释中出现了差异，让读者和观众在理解上可能会产生一些困惑。
- 关于轮回天生之术的设定更改：
- 前期描述：小南在长门发动轮回天生时说 “以长门眼下的查克拉使用这个术……”，这给人的感觉是如果查克拉充足，使用轮回天生就不会死。
- 后期更改：但后期带土的话以及阵之书的描述却显示，无论用多少查克拉复活多少人，使用者都得死。这一更改使得轮回天生之术的使用条件和后果变得更加明确，但与前期的一些情节暗示产生了矛盾。
- 角色能力设定的更改：
- 小樱前期设定：在第一部的时候，小樱有第二人格（中忍考试还破了井野的心转身术）和幻术出色才能的设定，但到了第二部这些设定就统统被舍弃了，小樱的能力表现和发展方向与第一部有了较大的不同。
- 忍术命名的更改：
- 漫画原设定：按照漫画最初的设定，一些忍术的命名可能是由特定角色起的。例如，某个忍术可能最初设定是由纲手起的名字。
- 阵之书修改后：阵之书为了与漫画或动画的某些情节相呼应，强行修改设定，将该忍术的命名者改成了三代火影。这种更改可能是为了使忍术的命名更符合故事的整体逻辑，但与漫画的原始设定产生了偏差。
- 须佐能乎手指数量的更改：
- 首次登场：须佐能乎第一次登场时，鼬的须佐能乎是五指。
- 后续变化：佐助的第一次须佐能乎开始变成了六指，而鼬的须佐能乎在第二次出场时也改成了六指。后来漫画中斑和初代大战的时候，斑的须佐能乎竟然又出现了五指的情况。这种手指数量的不统一可能是作者在创作过程中对于须佐能乎形象的设定有所调整，但对于读者来说，这种前后不一致的情况可能会影响对该忍术的理解和认知。
