计算人口自然增长率的方法如下：

1. 定义：人口自然增长率是指在一定时期内（通常为一年）人口自然增加数（出生人数减去死亡人数）与同期平均总人口数之比，用千分数表示 。

   

2. 计算公式：人口自然增长率 = (年内出生人数 - 年内死亡人数) / 年平均人数 × 1000‰。这个公式也可以表示为：人口自然增长率 = 人口出生率 - 人口死亡率 。

3. 出生率和死亡率：出生率是指在一年内一定地区的出生人数与同期内平均人数（或期中人数）之比，用千分率表示。死亡率是指在一年内一定地区的死亡人数与同期内平均人数（或期中人数）之比，同样用千分率表示 。

4. 正负值：当全年出生人数超过死亡人数时，人口自然增长率为正值；当全年死亡人数超过出生人数时，则为负值 。

综上所述，要计算人口自然增长率，首先需要收集相关数据，包括年内出生人数、年内死亡人数以及年平均人数，然后应用上述公式进行计算。